L’église de Villeperdrix, dédiée à Saint Pierre, était celle d’un petit prieuré, dépendance indirecte de l’abbaye de Cluny dès le XIe siècle et qui percevait encore les dîmes de la paroisse au XVIIIe siècle. La tradition orale situe un premier établissement au sud-ouest du village. L’église actuelle fut longtemps associée à la maison du prieur située plus au nord.
Au cours des siècles, les visites de l’ordre de Cluny et celles de l’évêque de Die, qui était seigneur majeur du fief de Villeperdrix, mentionnent plusieurs destructions et reconstructions de l’église.
Ruinée au début du XVe et vers 1470, elle est reconstruite au début du XVIe siècle ; en 1509, elle n’avait pas de carrelage ni de vitres aux fenêtres. On y trouve aussi une chapellenie, dédiée à Notre-Dame de la Pitié. Il s’agissait d’une fondation locale qui dotait un chapelain, généralement un prêtre indépendant de la paroisse, de biens temporels pour célébrer un service de messes. Au début du XVIIe siècle, au moment des guerres de religion, elle est à nouveau détruite puis reconstruite comme le montrent les visites pastorales des années 1630-1640. Elle est alors « fort petite ».
En 1770, après expertise, l’église est agrandie à l’ouest. Ces transformations lui confèrent son architecture actuelle, même si de nouveaux travaux interviennent au XIXe siècle (réfection de la porte, achat d’une cloche et construction du clocher).
